冯友兰的研究侧重于西方意义上的纯粹哲学方面也就是说，他没有采用传统的考证年代、训释名物、厘定篇目等等研究方法，而是径直将庄子放入道家哲学中作整体的综观，以简洁明快的方式抽象、归纳出庄子哲学的几个重要范畴，从而将庄子思想中的哲学内容整理出一个初步的框架。在他看业，庄子哲学中的“道”即是“天地万物所以生之总原理”，而“德”便是“各物个体所以生之原理”。这一说法形式上固然是原于道家思想的本义，但在原始道家那里，它们不仅是“理”性的，同时也是“气”性的，将“道貌岸然”、“德”理解为“原理”，要经过魏晋玄学的抽象才得以表现出这种倾向。这一点，不能认为是冯友兰的误释，而应当看作是一种诠释。冯友兰当时的基本立场是取自西方哲学。
对《庄子大宗师》中“安时而处顺，哀乐不能入也。此古之所谓悬解也”一说，冯友兰的解释是：“哀乐不能入，即以理化情也。”并引荷兰哲学家斯宾诺莎以情感为“人之束缚”的观点作比较，这就将庄子学说中可以是道论意义上的“境界”语言，变成了一个比较纯粹的理性哲学命题。此外，冯友兰还尝试着对庄子思想中有关“天人合一”的直觉体验作哲学性质的分析。他引用美国哲学家詹姆斯的“纯粹经验”为例，认为“在纯粹经验中，个体即可与宇宙合一”，并进一步解释说：“所谓纯粹经验即无知识之经验”，“庄学所谓真人所有之经验，即是此种。其所处之世界，亦即此种经验之世界也”，“所谓‘心斋’‘坐忘’，皆主除去思虑知识，使心虚而‘同于大通’，在此情形中所有之经验，即纯粹经验也”。值得重视的一点是，冯友兰当时曾敏感地注意到“庄子尤可异者，即其神秘主义不需要唯心论的宇宙”。其实，这里包含了道家哲学乃到早期道教思想与来自印度的佛教哲学之间的一个重大差异。遗憾的是，冯友兰没有进一步展开这方面的论述，而至今治庄子哲学的，也尚少对这一重大问题有所关注。
从哲学角度入手，“打破内、外、杂的成见’，而以《逍遥游》、《齐物论》两篇为代表，对庄子哲学作了进一步的深入分析；另一方面，他在立论中搀入了较多的意识形态万分并开始主张判庄子哲学为主观唯心主义。就庄子思想中的“混沌”概念而言，在庄子那里更可能指的是心物未分、阴阳未判的本原性状态。冯友兰则一方面指出，“这个混沌，并不是像有些唯物主义者所说的尚未分化的‘元气’”，同时又认为“混沌”“只是一种主观的意境和逻辑的虚构”，“这种混沌的意义只能是唯心主义的”，从而站在另一角度对庄子哲学中的“混沌”概念作了“心”“物”对立的抽象。
皇皇六大册的《中国哲学史新编》，是冯友兰晚年用功最多的一部大著，首先，冯友兰通过对《庄子》一书的考证性研究，稞了他以前反复强调的一点，即：不能主观臆断内、外、杂诸篇的作者，而应该以庄子整体哲学思想出发，“以《逍遥游》和《齐物论》为主要线索，参考其他各篇”，来对庄子哲学思想作全面的认识、分析和批判。其次，冯友兰对《齐物论》作了一番认真、详尽的分析，以其中“天下莫大于秋毫之末，而太山为小；莫寿于殇子，而彭祖为夭；天地与我并生，而万物与我为一”为例，指出里面包含的相对主义认识论牲，并将之归结于庄子主观唯心主义的立场，从而在更为有力的论据下重申了《三论庄子》一文中的观点：“这个‘一’就是没有分别的混沌，也就是‘我’的幻想中的‘无差别境界’。”照他的看法，《齐》中的相对主义是为《逍》中的“逍遥”境界提供哲学根据的，因此，他进而又深入解析了庄子“逍遥”思想的实质——“无己”。但是，不论是理论上的“无己”还是修养上的“坐忘”，冯友兰都将其归结为一种主观心理。再次，进一步分析了庄子的宇宙观，指出《庄子》书中实际上包含了两种宇宙观：一种真正体现了庄子哲学的精神，另一种则属于稷下黄老之学。在冯友兰判为属于庄子的宇宙观中，通过郭象的解释包含了较多的理性精神，冯友兰对此作了全盘的复述：“照郭象所解释的，声音的‘全’就是一切的声音，可是他所说的一切声音实际上是无声音，因为，照他说，一有声音它就是偏而不全了。照同样的逻辑，‘道’是一切事物的‘全’，可是这个‘全就是无事物，因为一有事物，它就是偏而不全了。”因而，庄子哲学中的这个“道”，就还是作为“原理”性的“无”。至于冯友兰认为属于稷下黄老之学的宇宙观则将“无”看作是“气”，涉及了气性论问题。因此，冯友兰连带着区分了庄子学说中“坐忘”和“心斋”这两种修养方法。从《庄子》文本中看，前者是一种心理上的混沌状态；后者则有一个“唯道集虚”的问题，与集中“精气”有关，所以冯友兰认为“这和‘坐忘’的方法是不同的。一般都认为这两种方法是一致的，其实是两回事”。