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皇帝暂时搬到了玉熙殿，见那里又狭窄又潮湿，很不满意，便宣召内阁首辅严嵩和次辅徐阶询问怎么办。
严嵩坐着肩舆进了禁苑，这是他八十岁那年，皇帝给他的特赏。这一年，严嵩已经八十二岁了，居相位也已近二十年，皇帝对他却依然恩宠不减，舍不得让他告老还乡。嘉靖皇帝号称英察之主，乃是非常有主见的人，虽然整天求仙服丹，却一刻也没有放弃对朝廷的控制，凡事在询问臣下之前就已打定了主意。宠幸大臣的本事，就在于摸清、迎合皇帝的主意，而严嵩正有这样的本事，再加上他的儿子严世蕃精明能干，父子两人合在一起，把皇帝的心事猜出个八九不离十，所奏总能正中皇上下怀，在别人看来，竟象是皇上对严嵩言听计从。
皇帝长期住在西苑建蘸迎仙，大臣们又多了一份差事：书写献给神仙的青词。严嵩早年是颇负盛名的诗人，“诗思冲邃闲远”，“文致明润宛洁”（王廷相语），正是写青词的最佳人选，皇帝对他进献的青词，往往再三把玩，赞赏不已。皇帝常把制成的仙丹赏赐给严嵩试服，这些仙丹其实乃是铅汞化合物之类的毒品，严嵩七八十岁的老人，仍不惜充当小白鼠。从他写给皇帝的实验报告来看，他不仅真的服了，而且非常忠实地报告服后的后果，“遍身躁痒异常，不可一忍”，“至冬发为痔，痛下淤血二碗”，正是铅汞中毒的症状。还到哪里去找如此善解人意、文采斐然而又忠心耿耿的大臣呢？皇帝一有问题，自然第一个想到的就是他了。
对皇帝要住到哪里，严嵩已经想过了。眼下正在修建奉天殿、华盖殿、谨身殿三大殿，工程浩大，淘空了国库，没有多余的人力物力重盖永寿宫。按理皇帝应该回到大内去，这也是众公卿的主张。但是严嵩知道，自从嘉靖二十一年发生了宫女杨金英等人谋杀皇帝的“宫闱之变”之后，皇上就不敢再回大内去了，一提起大内就心惊胆战，建议皇帝回大内，正是触犯了忌讳。众位公卿只是盼着皇帝回了大内就可恢复朝仪，视理朝政，却也不想想皇帝心里的难处。严嵩的建议是，皇上暂住修饰完整的南宫（重华宫）。
严嵩自以为考虑得面面俱到，这个建议定会博得皇帝的满心欢喜。不料皇帝听了，大为不高兴：你这是要把我关起来吗？严嵩千算万算，却忘了当年明英宗被也先俘虏放回后，景帝就把他软禁在南宫，因此在嘉靖皇帝看来，南宫乃是“逊位受锢之所”，大大的不吉利。
这就给了精明不在严嵩之下的“甘草国老”（海瑞语）徐阶一个千载难逢的表现机会。徐阶奏说：三大殿工程确实浩大，但我们正可以利用三大殿工程的“余料”和人力修复永寿宫，百日之内当可完成。皇帝想着的正是要修复永寿宫，一听徐阶这么说，龙颜大悦，下令马上动工，并钦命徐阶之子督视工程。第二年三月，永寿宫如期修复，皇帝将其改名万寿宫，大庆五日，大赏诸臣，徐阶加官少师，与严嵩平起平坐了，而严嵩仅加禄百石。
严嵩开始失宠了！这几年来他的确老了，精力大不如以前，政事都要事先跟严世蕃商量，人称“大、小宰相”，又说是“皇上不能一日无嵩，嵩又不能一日无其子”。偏偏在嘉靖四十年五月严老夫人去世，严世蕃要丁忧守制三年，不能跟随老爹到西苑直庐办公，便乾脆整天躲在家里跟姬妾们鬼混，父亲从直庐遣人走问政事，他也只是敷衍了事。这样，严嵩的奏对就越来越不称圣意，他在皇帝心目中的份量也就一直往下掉。他知道，以后的政权会是徐阶的了。自己先前迎合皇帝陷害、得罪了许多人，得给子孙们留条后路了。
他以前曾得意洋洋地说过：“有我福，无我寿；有我寿，无我夫妇同白首；有我夫妇同白首，无我子孙七八九；有我子孙七八九，无我个个天街走。”现在这些个个天街走的子孙反而成了包袱，得依赖别人的扶持了。于是他办了酒席宴请徐阶，席间令子孙们团团拜倒在徐阶脚下，举杯对徐阶托孤道：“嵩旦夕死矣，此曹唯公哺乳。”徐阶表面上一副受宠若惊的样子，连连说道“不敢当，不敢当”，内心却开始琢磨如何给严家以致命的一击。
要扳倒一位大臣，普通的办法是指使亲信联合上疏弹劾。这一招，徐阶在三、四年前就试过了，不灵。嘉靖三十七年，徐阶的门生刑科给事中吴时来和刑部主事张〔羽中〕，以及同乡刑部主事董传策三人同日上疏弹劾严嵩。
皇帝一眼就看穿了这是徐阶想要抢班夺权：严嵩这么老了，你徐阶就不会再等一等，何必这么急？下旨把三人逮捕入狱，定成“相为主使”“诬罔大臣”之罪发往烟瘴卫所充军。徐阶为此被迫韬晦了几年。现在皇帝的恩宠逐渐转移到了他的身上，又可以再试一试了。那么有没有别的办法出奇制胜呢？
大臣听皇帝的，但皇帝又听神仙的，谁能代表神仙呢？道士。也许突破口就在这里了。计谋已定，徐阶便向皇帝推荐了一名来自山东的道士蓝道行，此人的特长是会降紫姑扶乩。道教山山有仙，处处有神，这位紫姑，就是主管厕所的女神，据说她的乩语最灵。在扶乩之前，皇帝把所问之事写在纸上密封好，让太监带到扶乩之所焚烧，再请神仙降临以乩语答复。如果乩语不准，皇帝不是怪道士不灵，而是责备太监污秽不洁，神仙不愿降临。
这么给怪罪几次，太监们也学乖了，烧以前先偷看皇帝所问的内容，再转告蓝道行，这样降下的仙语自然是百发百中，句句说到了皇帝的心坎上，皇帝也就对蓝道行的道行深信不疑。宫外呢有徐阶在通风报信。严嵩将有密札呈奏皇帝，徐阶先派人通知蓝道行，扶乩的时候就预言说：“今日有奸臣奏事。”皇帝正在纳闷谁是奸臣，严嵩的密札送到了，严嵩也就成了神仙口中的奸臣。神仙的话，皇帝能不信吗？然而最终导致严嵩下台的，却是初夏的一场大雨。
嘉靖四十一年五月的一天，御史邹应龙出门碰上了大雨，到一位内侍太监家避一避，顺便打听点宫内的动静。这位太监连连摇头：说不得啊说不得。这一来邹应龙好奇心大起，不停地追问，太监也就讲开了：最近皇帝密令蓝道行扶乩，问的是天下何以不治。神仙回答说是因为“贤不竟用，不肖不退耳。”谁是贤，谁是不肖呢？神仙说是贤者如徐阶、杨博，不肖者如严嵩父子。
皇上又问了：我也知道严嵩父子很贪婪，上帝怎么不处死他们呢？神仙回答说：我如果处死他们，就会加深了重用他们的人的罪责，所以留给你自己处置。皇上听了，沉吟了好一会，你说这是什么意思呢？
是啊，这是什么意思呢？雨停回家后，邹应龙反反覆覆仍然想着这一个问题。如果皇上真的已经动心，决定除去严嵩，抢先告发自然是奇功一件。但是如果皇上还没动心呢？重者杀头，轻者流放，从前的沈炼、杨继盛、吴时中等人就是前车之鉴。邹应龙想了一夜，仍然决定不了该怎么办，迷迷糊糊地睡了过去。
正是日有所思，夜有所梦，梦见自己带了随从出去打猎，看见远处有一座高山，对准了放了一箭，箭却不知飞到了哪里。继续往东走去，前面又是一座山，不过要小多了，山边有一幢楼，下面全是田，田里有一堆米，米上盖着草。他又发了一箭，这下子，楼倒了，小山倒了，高山也跟着倒了下来，把他吓出了一身冷汗，惊醒过来。做了这么个奇怪的梦，是什么意思呢？高山，高山，合起来不就是一个“嵩”字吗？这么想下去，梦中的情景就一一可解了：东边的楼是“东楼”，那是严世蕃的字，田上面有米，米上面再加草，合起来可不就是“蕃”字吗？明白了，这个梦是要告诉他对准了严世蕃攻击，连带着打倒严嵩。他不再犹豫了，连夜修成《贪横荫臣欺君蠹国疏》，控告严世蕃贪污误国：“工部侍郎严世蕃凭借父势，专利无厌，私擅爵赏，广致赂遗。……”最后是请斩严世蕃，休退严嵩。
类似的奏疏，十一年前锦衣卫经历沈炼、九年前兵部车驾司员外郎杨继盛都上过，结果一个以“出位恣肆狂言，排陷大臣，计取直名”之罪流放，后以谋叛罪被斩，一个被抓住了奏疏中“或问二王（裕王、景王），令其面陈嵩恶”一语，定成“诈传亲王令旨”罪被杀。至于吴时中三人弹劾严嵩父子被流放，不过是四年前的事。
然而时势变了。现在皇帝读着这封奏疏，想到的是上帝要他处死严嵩父子的乩语。圣谕曰：“嵩小心忠慎，祗（下有一点）顺天时，力赞玄修，寿君爱国，人所疾恶，既多年矣。却一念纵爱悖逆丑子，全不管教，言是听，计是从，不思朕优眷。其致仕去，仍令驰驿，有司岁给禄米一百石资用。……”
皇帝毕竟还念着严嵩的种种好处，不忍加害，只以纵爱逆子之罪令其致仕还乡。严世蕃也未被处死，而是流放到雷州卫。然而二十年的老宰相终于倒了！首辅是徐阶的了，连严嵩原先的办公室西苑直庐也是他的了。他在直庐的墙上写了三句话，向大家宣布自己的执政方针：“以威服还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”依然是一副与世无争、无为而治的模样，但是他是不会甘心让严嵩安度晚年的。
嘉靖四十一年六月二日，严嵩满怀悲伤，出了北京广渠门，沿着运河南下，经过两个月的长途跋涉，回到了阔别四十余年的故乡江西袁州府分宜县。这位曾经名震海内的诗人，四十年来把文才花在了替皇帝撰写青词上，现在是再也无青词可写了，突然焕发了诗的青春，一路南回一路吟唱：“承诏赐休退，整驾念徂征。出昼心已结，辞天骨犹惊。伫立独踟蹰，泪落忽沾缨。上恋圣主恩，下怀知爱情。远树千重隔，沧江双橹鸣。路歧方浩浩，纷思何由平？”（《南还稿·六月二日出都作》）
“路歧方浩浩，纷思何由平？”几十年的宦海生涯使他预感到这不会是最后的结局。
严世蕃并没有到雷州卫去服刑，只走到广东南雄，在那里住了两个月，就偷偷回家了。回去后也并不韬光养晦，而是大动土木，兴建私宅，这样就引起了地方官员的注意。一天，袁州府推官郭谏臣有公事到严府，见到上千名工匠正在修建园亭，督工的家奴对他非常无礼，甚至还有人向他投掷瓦砾。郭推官咽不下这口气，回去后乾脆向巡江御史林润告发严家聚众练兵，准备谋反。
这时候，严世蕃的同党罗龙文也从戍所逃回了徽州老家，两人来往密切。这位罗龙文是倭寇首领王直的姻亲，曾经奉总督胡宗宪之命出海招降。林润接到郭推官的告发后，把故事编得完整一点，向皇帝控告这两个人以建造府第为幌子，聚众四千人，“道路皆言，两人通倭，变且不测”。这是谋反大罪，皇帝自然极其重视，立即下诏速将严世蕃、罗文龙拿来问罪。那时候严世蕃之子严绍庭还在北京当锦衣卫指挥，问讯赶快派人赶在圣旨下达之前到家乡报警。严世蕃得报，想逃回戍所，却早在林润的监视之中，被逮住了，解往京师。这是嘉靖四十三年十一月的事。
严世蕃二进宫了，却也并不怎么惊慌，“任他燎原火，自有倒海水！”，他有的是计策。自己贪污受贿，天下人均知，想赖也赖不掉，但是“皇上只要人干事，不怪人爱钱”，认了也没什么了不起的，当初邹应龙告发他的不就是“贪污误国”吗？最多再流放一次罢了。“聚众谋反”、“通倭”的罪名那才是最可怕的，不过也没什么证据，其实根本就是捏造的，应该不难洗刷清楚。
最好，是让三法司连带判决严嵩害死沈炼、杨继盛，这两个案子乃是皇帝亲自定的，要是让皇帝觉得三法司想为沈、杨翻案，审官和囚犯的位子恐怕就要掉个个儿了。计谋已定，他便命其党徒四处宣扬：不好了，要是三法司把沈、杨二案翻出来，严世蕃就死定了。
负责此案的三法司刑部尚书黄光先、都御史张永明和大理寺卿张守直果然中计，在判决中大书特书严氏父子迫害沈、杨。写好了，在上奏之前照例送给首辅徐阶过目。徐阶将三人领入内室，屏退左右，问道：诸君觉得严公子该不该死？三人异口同声回答：死有余辜！徐阶又问：那么你们是要他活还是要他死呢？三人答道：正是要他为沈、杨偿命啊。徐阶连连摇头：严嵩害死了沈、杨不假，但那都是领过圣旨的。皇上是最英明的，绝不会错。诸位的这份判决呈上去，皇上疑心三法司是在怪罪皇上，必定震怒，大家都免不了要被问罪，而严公子也就大模大样地出都门回家了。三人谔然，赶忙请教徐阶怎么修改。徐阶说：只要以林润的奏疏为底稿，再把聚众谋反这一条发挥发挥就行了，事不宜迟，稍迟就会发生变故。三人就请徐阶主笔，徐阶微微一笑，从袖中取出底稿：早就写好了，各位以为如何？三人看了，连声说好，马上叫来吏员誊清，这份致严世蕃于死地的判决书就从徐阶相府递了出来。
严家闻讯，这才真的慌了。严嵩托人送重金给徐阶，请他营救。徐阶钱照收，人也照杀。他的道理很简单：不收钱，严家的人要怀疑我捣鬼；不杀人，众人要怀疑我捣鬼。这位甘草国老，到现在还是两边都不得罪。
皇帝却也不信严世蕃会谋反，命令三法司再核实。圣谕云：“此逆情非常，尔等皆不研究，只以润（林润）疏说一过，何以示天下后世？其会都察院、大理寺、锦衣卫从公鞠讯，具以实闻。”
徐阶领了圣旨，急出长安门。三法司的官员们早在门外等候，他随便问了几句，就赶回家中，起草答疏，声称“事已堪实”，通倭谋反“具有显证”。皇帝这才批准了三法司的判决，于嘉靖四十四年三月二十四日下诏，以“交通倭虏，潜谋叛逆”之罪判处严世蕃、罗龙文死刑。死囚按规定应该留到秋后处决，但这一次，按徐阶的要求，立即处斩，“亟正典刑，以泄天下之愤。”怕一拖就要出意外吧。
当时的史家，多认为严世蕃死有余辜，却对以莫须有的叛逆之罪处斩不敢苟同。张居正主修的《明世宗实录》评论此案说“其罪状宜坐奸党之条，岂无可杀哉？乃润（林润）疏指为谋逆，法司拟以谋叛，悉非正法也。”支大纶的《皇明永陵编年信史》也是大为不满：“比乃咒诅怨望，练兵积粟，通倭诱虏，茫无影响，何以服天下之心哉？内阁颐旨，法官唯诺，刑罚不中，伊谁之咎？”谈迁在《国榷》中更是感叹道：“嗟乎！三尺法至平也，舍奸党之正条，坐不轨之苟论，自置相以来，未之闻矣。”其实这是有先例的，当年朱元璋杀宰相胡惟庸，不就也捏造了一个“通倭谋反”的罪名吗？有太祖高皇帝做榜样，徐阶想必是心安理得的。
徐阶不以“奸党”之名处置严世蕃，却捏造出一个通倭谋反的罪名出来，其用心，乃是要把严家一网打尽。犯了叛逆之罪，亲属都要受到牵连，家产也都在抄没之列。即使他们在判决中未对严嵩拟罪，严嵩却也难逃法网，皇帝还要怪他们未依法追究严嵩的罪责（诏令云：“疏内不言逆本，是何法制？”），下诏把严嵩及其孙子们削官为民，并抄没家产。
对江西严家的抄没，不知为何，一直拖到严世蕃被处决之后的五个月才进行，共抄得黄金三万多两，白银二百万两，相当于当时全国一年的财政总收入。此外还有田地百万亩，房屋六千多间，和无数的珍宝古玩字画。严嵩出身贫寒，这些财产，当然都是他当了大官以后，特别是入阁拜相以后，父子劳神搜刮而来的，用张居正的话说，是“商贾在位”。做了几十年的买卖，一夜之间就赔个精光。
抄家之后严嵩的去向，各家说法不一，或说他寄食故旧，或说他寄食野寺，或说他与孙子住在关公庙，《明史·严嵩传》则说他是“寄食墓舍以死”，大约是到处打游击找人讨口饭吃。
他是哪一年死的，各家说法也不同，或说被抄家以后不久就死了，或说过了一年才死，《明史》则说是过了两年才死，与嘉靖皇帝差不多同时死的，终年八十七岁左右。死后没钱买棺材下葬，也没人吊唁，直到万历初年，徐阶的门生张居正当国，才吩咐分宜县县令收拾严嵩尸骨备棺埋葬。
这位县令遵命照办后，张居正还特地去函称赞：“闻故相严公已葬，公阴德及于枯骨矣，使死而知也，当何知其为报哉？”大约觉得自己的老师对严嵩的处置未免太过份，或者，是要借此为后人如何对待故相立个榜样吧。
他自己死后，却也差点被开棺鞭死。至于徐阶的结局，也并不怎么美妙，三个儿子被逮充军，田产充公，若不是张居正极力维护，说不定也落得个跟严嵩一样的下场。在此起彼伏、你死我活的内阁纷争中，只有皇帝才是最后的赢家。
